Novověk v Čechách, na Moravě a ve Slezsku

V roce 1526 byl na český trůn zvolen Ferdinand I. Habsburský a s ním dynastie Habsburků, která zemi postupně včlenila do habsburské monarchie. Ferdinandův vnuk Rudolf II. si ještě (jako poslední Habsburk, který toto udělal) zvolil Prahu za sídelní město a, ač katolík, byl velmi tolerantní vůči českému protestantismu (Rudolfův majestát). Po jeho smrti však éra tolerance skončila a náboženské napětí znovu vzrostlo. V roce 1618 vypuklo proti katolickému panovníkovi ozbrojené povstání českých protestantských stavů (stavů v Čechách). Defenestrace císařských místodržících v roce 1618 se stala i počátkem třicetileté války. Vojsko českých stavů bylo roku 1620 v bitvě na Bílé hoře poraženo a stavovští vůdcové byli veřejně popraveni v Praze.

Začala násilná rekatolizace českých protestantů. Rozsáhlý majetek české exilové šlechty a inteligence připadl věrným stoupencům Habsburků. Do poloviny 17. století klesla populace v Čechách a na Moravě o necelých 30 % na zhruba 1,75 milionu obyvatel. Roku 1627 bylo pro Čechy vydáno Obnovené zřízení zemské, kterým Habsburkové získali Český královský titul dědičně, za jediné povolené náboženství bylo prohlášeno katolické a jazyk německý byl zrovnoprávněn s českým, fakticky byl ale upřednostněn.

Správními reformami Marie Terezie v roce 1749 byly země Koruny české de facto zrušeny, ale i nadále se korunovali čeští králové v rámci Českého království. Během hladomoru v letech 1771–1772 zemřelo nejméně 250 000 lidí, což vedlo k rozsáhlým nevolnickým nepokojům.

Náboženskou toleranci a zrušení nevolnictví přinesly až reformy Josefa II. v roce 1781. Od 17. až do počátku 19. století rovněž probíhala centralizace monarchie. Této centralizaci napomáhalo preferování německého jazyka ve státní i církevní správě.

V odpověď na poněmčování kultury i jazyka se koncem 18. století začalo v českých zemích projevovat české národní obrození, tedy snaha o obnovu české kultury a jazyka a později i o získání politické moci stranami zastupujícími zájmy českého etnika. Ve druhé polovině 19. století nastal na území dnešní České republiky i významný hospodářský a kulturní rozvoj. Většina (asi 70 %) průmyslu Rakouska­‑Uherska byla soustředěna v Českých zemích. České politické elity (zejm. František Palacký) po celé 19. století věřily, že federalizované a demokraticky reformované Rakousko bude nejvýhodnějším životním prostorem pro český národ i jiné malé národy střední Evropy (tzv. austroslavismus).

Rakouské soustátí mělo být ochranou vůči vlivu mocných národů ze západu i východu. To však změnila první světová válka (1914–1918), vstupem do níž vídeňští politici učinili z Rakousko­‑Uherska přívěsek vilémovského Německa, čímž austroslavistické sny rozmetali. Novým řešením měl být projekt Československa připravený Tomášem Garriguem Masarykem a Edvardem Benešem.